昌吉州在新疆总体经济发展中，处于十分重要的战略地位，已在农业标准化、农产品认证等农产品质量安全方面取得了不小成绩。
2001年以来，已累计认定40个基地，面积达290万亩，认证无公害农产品81个，面积169万亩，认证绿色食品9家企业18个产品，认定12个有机产品基地，面积1.88万亩。
在认证过程中，积极开展GAP（良好农业操作）、HACCP（危害分析与关键控制点）、ISO900标准（质量管理和质量保证体系）、ISO1400标准（环境管理和环境保证体系）等质量体系认证，不断加强对转基因农产品、双低油菜等特殊农产品标志的认定，扩大认证认可的覆盖面。也逐步健全了农产品质量安全工作体系，完善了监管工作机制。
在农业标准化工作方面也取得了成效，已搜集整理农业国家标准700余项，行业标准1800多项，发布了53个县级农业地方标准、44个州级农作物无公害生产技术规程。
还积极推进标准化生产示范区建设，围绕优良品种、产地环境、农业投入品的选用和准入，生产过程控制、产品市场准入等方面进行标准化综合示范和全程质量监控。
进一步完善了产地环境管理、农业投入品管理、农产品生产过程管理、包装标识管理和市场准入的管理，营造了昌吉州农产品质量安全管理的良好氛围。
积极探索农产品全程质量安全管理新途径。以昌吉市亚中批发市场、昌吉商场地下超市、米泉通汇市场、奇台天合市场等为重点，通过建立产销衔接机制、推行标识管理、实行连锁配送等方式，严把农产品产地产出和市场准入关，探索建立农产品质量全程管理和追溯制度的新途径。
虽然昌吉州在农业标准体系建设方面取得了一定成效，但仍然存在不少问题。
农产品检验检测体系建设滞后。
农产品质量检验检测机构性质和职能分工不够明确；体系内网络不够完善；与农产品质量安全有关的质监、工商、食品监督、农业、环保等不同行业、不同管理部门下设的检测机构的职能分工缺乏整体规划。在网络体系方面，县（市）特别是生产基地和农业企业的自检问题突出。同时检测机构设备和手段落后，人员素质偏低，项目检测缺乏应有的权威性，与检测有关的政策不配套。
标准化生产体系的构筑不规范。
一是农业生产环境对农业标准化实施的影响。二是生产者的不法行为造成的影响。三是常规实用技术的使用与农产品质量安全的矛盾不能得到有效解决。四是单家独户的小农生产与标准化操作、规范化管理的矛盾难以克服。
今后，昌吉州农产品质量安全管理工作，要作好以下几方面的工作。
加快农业标准化体系建设。
首先，标准化体系的建设重点应放在优势、特色农作物上，例如优质专用小麦、榨汁胡萝卜、仁用杏、红花、草莓、大蒜等的生产储运及加工标准，生产技术操作规程，力争使昌吉州的特色农产品的标准成为冠名昌吉州制定的自治区或国家标准。其次，要狠抓标准的贯彻实施。应以国家农业标准化示范县和无公害生产示范基地创建活动为突破口，全面提高示范县（基地）广大农民的标准化意识和素质，从而推进标准化实施进程。还要狠抓标准的监督工作，依法实施农产品生产记录制度，强化农产品质量安全追溯管理，逐步实现生产记录可存储、产品流向可追踪、储运信息可查询。
不断强化农产品产地和投入品的监管。
控制农产品源头污染是作好农产品质量安全工作的第一道关口。昌吉州计划在2010年建成350万亩无公害、80万亩绿色农产品基地，主要农产品标准化覆盖率达到80%，质量水平基本达到无公害标准。为了实现这一目标，昌吉州的农产品质量安全工作应与无公害农产品生产基地相结合，切实加强产地建设，强化产地环境保护，不断改进基础设施，规范投入品使用，严禁产地污染。特别对不适应特色农产品生产的区域，要坚决按照法律规定，严格落实农产品禁止生产区域制度。
不断完善农产品质量安全检验检测体系。
只有建立了完善的农产品质量安全检测体系，才能全面掌握各种农产品的品种和品质优势，并及时监测评估出各地区的生态条件和资源优势，从而为全州农业产业的合理布局、结构调整及品种选择提供科学的依据。
建立昌吉州农产品质量安全市场准入制度。
首先，应从大型农贸市场入手，建立生产基地和销售市场的挂钩机制，由生产基地与农贸市场订立质量安全合同，实现产销衔接。其次，加强对生产基地的生产环境、生产过程及终端产品进行无公害或有机产品认证，验证后直接进入市场。第三，非场地挂钩的农产品，必须进行必要的检测才能进行交易。第四，建立农产品质量安全追溯制度和质量安全标志管理，严格农产品生产、经营登记，规范索证，确保从生产到销售的每一个环节都能相互追溯。第五，建立质量安全承诺制度，在准入的市场实行责任承诺，由在农贸市场销售的经营主体向社会承诺履行的相应职责，接受社会监督，不断扩大标志农产品的覆盖面。第六，大力促进农业品牌化发展。继续实施无公害农产品基地认证，加强诚信建设，全面提高农产品知名度和美誉度，增强市场竞争力。
(编辑：山水)
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