良种推广补贴作为一项全新的惠农扶粮政策，为我国粮食生产恢复发展积累了有益的经验。但实施过程中也出现了一些值得思考的问题，有的是我国“三农”领域客观存在的，有的是政策本身存在的，有的是操作不到位引起的。例如目前还存在计划下达偏迟、实施规模偏小、配套推广工作经费不足等问题，而且各省的具体做法不尽相同，引发了对该项政策的一些疑惑。正确认识这些问题，对于进一步实施好良种推广补贴政策十分必要。下一步的工作重点主要是以下几个方面：

    进一步完善良种推广补贴实施办法。修改完善《国家良种推广补贴项目实施管理办法》，进一步规范实施，加大宣传力度，严格管理，阳光操作，接受社会监督。借鉴、推广江苏良种补贴招标采购办法，由农业、财政两部门共同制定全国相对一致的省级统一招标采购指导性意见，明确要求各项目省由省级部门统一招标采购，禁止发放良种补贴券，规范招标供种程序。

    进一步落实项目赏罚制度。建议对规范实施、成效显著的地区要优先扩大补贴规模。因实施方案不符合客观实际而造成项目计划未完成的，无正当理由拖延资金拨付、影响项目执行的，或未经批准擅自同意更换品种和实施区域范围而造成不良后果的，视情节轻重减少或取消项目县下年度的计划任务，并对有关责任单位和责任人予以通报；造成严重后果和经济损失的，要依法追究责任单位和责任人的责任。与中标企业串通，谎报、虚报项目实施情况或挪用、截留、挤占补贴资金的，除责令纠正外，省农业、财政行政主管部门应对责任单位和责任人予以通报，情节严重的，依法追究相关法律责任。

    适当配套推广工作经费。农业部、财政部下达的《2005年国家良种推广补贴项目实施方案》（农办农[2005]22号）中明确提出：“为保证良种推广补贴项目的顺利实施，所需工作经费由省（区）级财政统筹安排，不得挤占中央财政下拨的补贴资金”，但实际配套到位较少，建议各级财政从支农扶农的高度出发，安排落实一定比例的配套经费，重点补助县一级，建议省级不少于补贴资金的1%，县级不少于5%，以支持农业部门实施好良种推广补贴项目。