863计划研究单位与相关企业建立了良好的合作关系，共同建立了一批农业成果示范应用和产业化基地，成果转化和应用成效显著。
    
　　与相关企业进行了密切合作，企业主要参与高科技产品的中试、成果转化以及产业化基地的建设等。已建立中试生产线和生产基地109条（个），参与合作研究的企业有100余家，如与哈尔滨维科公司和中牧股份有限公司等单位建立了密切联系，推广合用伪狂犬病毒gG-基因缺失油乳剂灭活疫苗1,009,859头份，经该苗免疫后伪狂犬抗体水平阳性率达95%以上；推广应用猪伪狂犬病基因缺失SA215疫苗200万头份，直接经济效益400万元。与哈尔滨维科公司签订了合作开发rH5N3分子标记禽流感疫苗协议书；充分利用深圳未来海洋科技发展有限公司、山东诸城信得药业有限公司在设备、生产、市场及管理等方面的优势，加快新型CpG免疫佐剂成果的示范与产业化工作，累计试用100万羽份，取得了良好的免疫增强效果。与重庆重大生物技术发展有限公司合作建成年产20%绿僵菌油悬浮剂525吨、真菌农药稀释液1050吨的产业化基地，达产后可满足2000万亩以上蝗虫防治的需要，每年减少蝗灾损失10亿元以上、减少化学农药用量1500吨左右。与深圳芭田复合肥股份有限公司、广东茂名锦田复合肥有限公司等合作，年有机肥生产能力约16万吨，生物有机肥示范面积达54万亩。与温州宏利生物工程公司、宁波联合生物技术有限公司等合作建立了饲料添加剂中试与产业化基地。糖萜素饲料添加剂已生产推广302吨，生产含糖萜素的畜禽全价饲料60.4万吨，产品辐射国内外，各类饲料添加剂和抗生素替代品创直接经济效益6224万元以上。与四川龙蟒福生科技有限公司、福建浩伦科技集团合作建立了植物生长调节剂产业化基地等。
    
　　生物杀菌剂康地蕾得在上海泽元海洋生物技术有限公司实现产业化，建成了年产240吨的小规模工业化生产线，已累计生产出150吨康地蕾得。系列寡聚糖生物农药中的葡聚寡糖和氨基寡糖已转让给大连凯飞化学股份有限公司，投产至今已生产230吨产品，产值千万元。高效生物杀虫剂BtA获得农业部农药登记证(LS20031457)，成果转让给超大现代农业集团（150万元，占股份15%）进行产业开发。利用作物秸秆和畜禽粪便快速制成高氮有机肥和生物有机肥成果（技术和产品）已在江苏常熟共和生物技术开发有限公司（本项目的中试基地）通过中试，并大规模生产，截止2005年7月该公司已累计生产销售3.5万多吨，累积获直接经济效益500多万元。动物新型饲料添加剂的成果转化非常喜人，其中宁波联合生物技术有限公司投资3526万元人民币生产糖萜素，特节酶已成功销售320万元，搣复合NSP酶攠产品，累计推广产品4518吨，增加销售额4593万元、利润1299万元，基因工程菊粉内切酶与菊粉寡糖Beta—1,3-1,4-葡聚糖酶已经创造了过102.6亿元的经济效益。
   
　　PRV鄂A株基因缺失疫苗成果转化给中牧实业股份有限公司，成功实现产业化，开创了我国动物病毒基因缺失疫苗实用化的先例，成果转让费800万元。与美国VALENT BIOSCIENCES公司（简称VBC，原美国第3大生物技术公司ABOTT LAB.的子公司，全球植物生长调节剂行业的领袖商，现为世界第6大农药公司日本住友化学公司购并），签订了在全球范围内开展脱落酸产业开发的战略伙伴合作协议，将ABA应用开发技术方面申请的PCT专利，以搣许可权经营攠方式，授权给美国VBC公司已经在全球推进脱落酸研究与发展计划，成为我国生物科技领域少有的通过自主知识产权授权世界大企业，开展全球商业化开发合作的产品，成为我国生物科技领域少有的通过自主知识产权授权世界大企业，开展全球商业化开发合作的产品，目前年产值为750万元，出口创汇50万美元。